Każdy semestr lektoratu kończy się zaliczeniem na ocenę. Cały kurs lektoratu kończy się egzaminem, a przystąpienie do niego jest możliwe po ukończeniu wszystkich następujących po sobie smestrów.
Zgodnie z §§ 5-6 Zarządzenia nr 112 Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego z dnia 16 października 2020 roku w sprawie organizacji i szczegółowych zasad zaliczania lektoratu języka obcego przez studentów studiów pierwszego stopnia, studiów drugiego stopnia oraz jednolitych studiów magisterskich oraz wykazu uznawanych certyfikatów potwierdzających znajomość języka obcego (nie dotyczy Collegium Medicum) lektorat z języka obcego zorganizowany jest w sposób opisany poniżej. Zasady te stosuje się także do osób, które powtarzają lektorat lub realizują go nadprogramowo, w ramach tzw. wolnych żetonów.