Jagiellońskie Centrum Językowe działa zgodnie ze Statutem Uniwersytetu Jagiellońskiego i wpisuje się w realizację misji Uniwersytetu, ułatwiając proces uczenia się języków obcych, a przez to rozwijania umiejętności niezbędnych do rozwoju osobistego i zawodowego. Realizacja tej misji jest możliwa przez: oferowanie wysokiej jakości usług edukacyjnych w przyjaznej atmosferze równych szans, wsparcia i otwartości; wspieranie rozwoju własnego uczących się; wspieranie rozwoju zawodowego kadry dydaktycznej i administracyjnej; tworzenie i realizację programów nauczania zgodnie z zasadami najnowszych podejść pedagogicznych. Celem strategicznym jest utrzymanie uznawanego na arenie międzynarodowej statusu centrum nauczania języków obcych. W styczniu 2016 roku Jagiellońskie Centrum Językowe zostało akredytowanym członkiem międzynarodowego stowarzyszenia Eaquals (European Association for Quality Language Services), afiliowanego przy Radzie Europy.

Jagiellońskie Centrum Językowe prowadzi lektoraty akademickie z języków nowożytnych oraz z łaciny i greki. Na zajęcia uczęszcza ponad 10 tysięcy osób. Centrum oferuje także kursy tematyczne dla osób studiących na programach studiów II stopnia i III stopnia, a także w szkołach doktorskich. Jagiellońskie Centrum Językowe prowadzi także kursy ogólnodostępne z dziesięciu języków obcych. Kursy te adresowane są do osób studiujących w Uniwerysteckie Jagiellońskim, kadry dydaktycznej i administracyjnej UJ oraz osób spoza Uniwersytetu. Pracownicy dydaktyczni Jagiellońskiego Centrum Językowego przeprowadzają także egzaminy z języków obcych w przewodzie doktorskim wchodząc w skład wydziałowych komisji egzaminacyjnych. Jagiellońskie Centrum Językowe wydaje „Zeszyty Glottodydaktyczne", w których nauczyciele akademiccy dzielą się swoim doświadczeniem w nauczaniu języków obcych

Wierzymy, że najlepszą metodą osiągania zamierzonych celów jest podejście eklektyczne, w którym dominują elementy podejścia działaniowego. Chcemy bowiem, aby nasi studenci mogli komunikować się w językach obcych, tzn. podejmować działania językowe w życiu prywatnym, na studiach i w pracy. Zależy nam również na tym, aby uczący się potrafili korzystać z tekstów źródłowych (również w językach antycznych) – umiejętności często niezbędnej w kształceniu się i w pracy zawodowej czy karierze akademickiej. Podejście dydaktyczne JCJ opiera się na przeświadczeniu, że ludzie uczą się języków w różny sposób i z różnych powodów. Dlatego też, planując proces dydaktyczny staramy się, aby: treści kursów odpowiadały potrzebom i zainteresowaniom uczących się; metody i techniki prowadzenia kursów odpowiadały poziomowi kompetencji językowej uczących się; kursy rozwijały umiejętności komunikowania się w najszerszym znaczeniu tego słowa; chcemy ułatwiać uczącym się rozwijanie nie tylko kompetencji językowej (gramatyka, semantyka czy wymowa), ale także pragmatycznej i interkulturowej (tworzenie i rozumienie tekstów w mowie i piśmie) oraz strategii, które można stosować w kontekście zawodowym, akademickim i prywatnym niezależnie od języka (np. strategie uczenia się czy techniki pracy z tekstem źródłowym); kursy umożliwiały kontakt z autentycznymi i oryginalnymi materiałami pisanymi i mówionymi w stopniu zależnym od kompetencji i wiedzy specjalistycznej uczących się; kursy oferowały zarówno komponent ogólny jak i akademicki oraz specjalistyczny.

Jagiellońskie Centrum Językowe kieruje się zasadą, że aby zrealizować zakładane cele uczenia się należy w szczególności: promować podejście stawiające osobę uczącą się w centrum procesu dydaktycznego; informować uczących się o celach kursów oraz zajęć i oczekiwanych efektach kształcenia; dostosować, na tyle na ile to możliwe, techniki nauczania do potrzeb indywidualnych studentów i grupy; zapewnić na zajęciach różnorodność działań i zadbać o właściwą dynamikę zajęć; kreować atmosferę sprzyjającą uczeniu się; dbać, aby uczący się byli aktywnie zaangażowani w proces uczenia się poprzez zadania komunikacyjne; dostarczać uczącym się informacji zwrotnej w trakcie zajęć oraz na temat pracy domowej, w tym odpowiednio korygować błędy; zapewnić na zajęciach czas na refleksję nad tym, co zostało na nich wykonane (np. w stosunku do założonych celów zajęć); prezentować, ćwiczyć i oceniać użycie języka w kontekście.

Blisko 100-osobową kadrę akademicką Jagiellońskiego Centrum Językowgo tworzą głównie osoby, które ukończyły studia w Uniwersytecie Jagiellońskim w Krakowie. Kadrę tę tworzy kompetentny i wykwalifikowany zespół, specjalizujący się w nauczaniu języka specjalistycznego w poszczególnych Wydziałach Uniwersytetu. Stale rozwija on swoje umiejętności zawodowe poprzez samokształcenie, zdobywa  stopnie naukowe oraz uczestniczy w konferencjach naukowych i szkoleniach.

Działania dydaktyczne Jagiellońskiego Centrum Językowego opierają się na założeniu, że aby optymalizować uzyskiwanie określonych efektów uczenia się osoby uczestniczące w zajęciach powinny powinny: uświadomić sobie własne potrzeby językowe; mieć świadomość swoich mocnych i słabszych stron jako uczący się języków; rozwijać odpowiednie dla siebie strategie uczenia się, w tym uczenia się języków; mieć świadomość społecznego i kulturowego kontekstu używanych przez siebie języków (w tym języka ojczystego); umieć oceniać własny postęp i wyznaczać własne cele językowe; aby osiągnąć stawiane sobie cele, wziąć odpowiedzialność za rozwój własnych umiejętności i doskonalić je zarówno współpracując w grupie jak i przez systematyczną, samodzielną pracę będącą elementem programu kształcenia; korzystać ze wskazanych materiałów dydaktycznych, w tym materiałów natury specjalistycznej, które mogą być pomocne w autonomicznym rozwoju różnych umiejętności, a także zweryfikowanych stron internetowych zawierających materiały do samodzielnego ćwiczenia zagadnień gramatycznych czy leksykalnych; w miarę możliwości aktywnie uczestniczyć w planowaniu kursów; aktywnie uczestniczyć w realizacji poszczególnych zajęć wykorzystując w miarę możliwości, oryginalne teksty własnego wyboru.

Jagiellońskie Centrum Językowe współpracuje z Działem ds. Osób Niepełnosprawnych. Po przeszkoleniu osoby prowadzące zajęcia językowe, prowadzą lektoraty dla osób z niepełnosprawnościami oraz współuczestniczą w projektowaniu programów nauczania i oceniania dostosowanych w miarę możliwości do indywidualnych potrzeb osób uczących się.

Jagiellońskie Centrum Językowe, zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 14 listopada 2018 r. w sprawie charakterystyk drugiego stopnia efektów uczenia się dla kwalifikacji na poziomach 6-8 Polskiej Ramy Kwalifikacji określającym zakres kompetencji językowych wymagany docelowo na każdym stopniu i rodzaju studiów według skali Europejskiego Systemu Opisu Kształcenia Językowego, ESOKJ (Common European Framework of Reference for Languages, CEFR), prowadzi zajęcia na poziomie B2 dla studiów I stopnia oraz B2+ dla studiów II stopnia i jednolitych studiów magisterskich, a także zgodnie z zalecanym poziomem przez Uniwersytet Jagielloński - C1 dla studiów III stopnia i szkół doktorskich.